Prirodno-matematički fakultet Univerziteta u Nišu osnovan je 1999. godine izdvajajući studijske grupe iz Filozofskog fakulteta. Nalazi se na adresi Višegradska 33 u Nišu i obuhvata šest departmana: matematiku, računarske nauke, fiziku, hemiju, geografiju i turizam, biologiju i ekologiju.
Nastava se izvodi na osnovnim, master i doktorskim studijama. Osnovne studije traju tri godine i pokrivaju oblasti kao što su matematika, fizika, hemija, biologija, geografija i računarske nauke. Master studije traju dve godine sa različitim specijalizacijama, dok doktorske studije omogućavaju istraživanja u prirodno-matematičkim naukama.
Fakultet ima bogatu tradiciju, oko 129 nastavnika, 19 saradnika i 53 istraživača. Studijski programi su akreditovani i usklađeni sa savremenim standardima.